В структуре библиотеки 23 отдела, в том числе 12 отраслевых читальных залов:

• Отдел комплектования фондов (в его составе сектор обменно-резервного фонда)
• Отдел обработки литературы и организации каталогов
• Отдел хранения основного фонда
• Сектор редких книг
• Сектор регистрации читателей и контроля со столом справок
• Отдел общего обслуживания читателей (в его составе общий читальный зал, зал текущих периодических изданий, гуманитарный центр чтения, центр экологической информации)
• Гуманитарный центр чтения
• Отдел политической и социально-экономической литературы
• Центр правовой информации
• Центр деловой информации
• Центр экологической информации
• Отдел технической литературы и сельскохозяйственной литературы (в его составе сектор спецвидов и сектор сельскохозяйственной литературы)
• Виртуальный читальный зал РГБ ЭБД
• Отдел литературы по искусству (в его составе МКЦ - мультимедийный культурный Центр)
• Мультимедийный культурный центр
• Отдел иностранной литературы (в его составе сектора  немецко-французской, англоязычной и национальной литературы)
• Немецко-французский читальный зал
• Отдел городского абонемента
• Информационно-библиографический отдел (в его составе сектор СНИКИ)
• СНИКИ
• Отдел краеведческой литературы
• Консультационно-методический отдел
• Электронный читальный зал
• Отдел автоматизации и информационных технологий
• Отдел межбиблиотечного абонемента
• Редакционно-издательский отдел